耶稣会学校在教学方法方面主要采用讲解的方法，具体做法如下：教师逐句、逐节地讲明课文大意；详细说明课文的结构或语法、句法；引用其他诗人、史学家或哲学家的类似著作，比较其思想和文辞；借用历史掌故、地理、民俗、风情和轶闻趣事，帮助学生领会课文；仔细分析课文修辞、比喻、字句配合和押韵的技巧；结合课文中有关道德的内容，进行道德教育。运用这种教学方法，对教师来说，需要在课前做详细、缜密的准备。对学生来说，则需要课后认真复习，乃至全部熟记。而为了保持学生的学习兴趣，提高学习成绩，耶稣会学校实行竞争制度，例如，每一名学生找另一名学生，成为“对手”，彼此竞赛、互相促进。此外，还举行公开的辩论，让学生就已经学过的功课进行讨论，互相挑出对方的错误。辩论由教师裁决，获胜者可得到十字架等奖品和半天休假。耶稣会学校还注意到了因材施教的问题。学校为入校新生安排考试，根据考试所反映的学生的学习情况、学习能力和水平，将不同的学生编入不同的班级，以便更有针对性地进行教育。
由于组织严密、设备精良、教师水平高，因此，在相当长的一段时期内，耶稣会学校一直是欧洲质量最高、最有效率的学校。其办学的经验一直为其他教派学校和世俗学校所重视，并逐步扩散到美洲、亚洲等世界许多地区，对欧洲以至世界许多国家教育的发展，做出了不容忽视的贡献。