耶稣会学校在教学方法方面主要采用讲解的方法,具体做法如下:教师逐句、逐节地讲明课文大意;详细说明课文的结构或语法、句法;引用其他诗人、史学家或哲学家的类似著作,比较其思想和文辞;借用历史掌故、地理、民俗、风情和轶闻趣事,帮助学生领会课文;仔细分析课文修辞、比喻、字句配合和押韵的技巧;结合课文中有关道德的内容,进行道德教育。运用这种教学方法,对教师来说,需要在课前做详细、缜密的准备。对学生来说,则需要课后认真复习,乃至全部熟记。而为了保持学生的学习兴趣,提高学习成绩,耶稣会学校实行竞争制度,例如,每一名学生找另一名学生,成为“对手”,彼此竞赛、互相促进。此外,还举行公开的辩论,让学生就已经学过的功课进行讨论,互相挑出对方的错误。辩论由教师裁决,获胜者可得到十字架等奖品和半天休假。耶稣会学校还注意到了因材施教的问题。学校为入校新生安排考试,根据考试所反映的学生的学习情况、学习能力和水平,将不同的学生编入不同的班级,以便更有针对性地进行教育。
由于组织严密、设备精良、教师水平高,因此,在相当长的一段时期内,耶稣会学校一直是欧洲质量最高、最有效率的学校。其办学的经验一直为其他教派学校和世俗学校所重视,并逐步扩散到美洲、亚洲等世界许多地区,对欧洲以至世界许多国家教育的发展,做出了不容忽视的贡献。