不久,李自成攻破南京,崇祯帝自缢,福王朱由菘在南京建立新王朝,阮大钺重新得势,他马上开始清除异己,陈贞慧、吴应箕具被捕下狱。侯方域知道黑手很快就会伸向自己,只能远走高飞,不得已,他挥泪离开了香君,渡江北上,投奔到正督师扬州的史可法麾下,从此与李香君劳燕分飞。自侯郎离去,香君洗尽铅华,闭门谢客,一心等待侯郎归来。
侯方域走后,阮大钺想要迎娶香君,香君以死相抗,血洒香扇。一计不成,他又想一计,他打着皇上圣谕的幌子,将香君征入宫中充当歌姬。带着无限的眷念和遗憾,李香君怀里紧紧抱着那把鲜血写成的桃花扇进了皇宫。宫门一入深似海,从此香君与她的侯郎更是天涯相隔,书信断绝。
不久后,清兵南下,直逼南京,朱由菘闻风而逃,李香君随着一些宫人乘乱逃离了皇宫。
相爱的两个人活生生地被拆散,过着“同心而离居”的生活,让多少人为李香君和侯方域心痛、感伤不已。