经历了明朝覆亡、清兵入关的战乱生活以后，李玉对现实的认识有一定的提高，他写下了《万里圆》、《千钟禄》等作品，把创作视野转向了明末清初的现实生活，思想内容超过了早期剧作。如《千钟禄》写明初燕王朱棣为争夺王位，举兵攻陷南京，建文皇帝装扮成和尚出逃的故事。剧本中一些曲文真实地反映了当时动荡不安的社会生活，苍凉凄楚，深深地打动了无数的听众。其中（倾杯玉芙蓉）“收拾起大地山河一担装”一曲广为时人传颂，有“家家‘收拾起’，户户‘不提防’”的俗谚（“不提防”指《长生殿》中的（一枝花）“不据防余年值离乱”一曲）。
李玉的主要代表作，是他与朱素臣、毕万后、叶雉斐共同创作的《清忠谱》。
《清忠谱》在中国戏曲史上有着特殊的意义。在这一剧作中，作者跳出了许多士大夫作家一贯描写才子佳人悲欢离合或借历史故事排遣个人情绪的窠臼，引入了戏曲舞台前所未有的新题材、新人物和新主题。《清忠谱》以明末天启六年（1626年）苏州市民因东林党人周顺昌被逮一案而罢市，向阉党魏忠贤展开斗争的真实事件为题材，描写了市民群众支持正义、反对暴政的斗争场面，揭露了魏忠贤等祸国殃民的罪行，歌颂了颜佩伟等五位市民爱憎分明、敢于斗争的优秀品质，有着鲜明的时代特色。剧作较为成功地塑造了颜佩伟、杨念如、周文元、马杰、沈扬五位市民阶层的正面形象，尽管他们在剧本中并不是主角，他们的活动也没有占据主要篇幅，却以其生动感人的行动给人留下了不可磨灭的印象。在《义愤》、《闹诏》、《捕义》、《戮义》等折中，作者集中刻画了他们坚持正义、不怕牺牲的高贵品质。其中《义愤》和《戮义》两折，描写得最为感人，后来以《五人义》为名在戏曲舞台上盛演不衰。