1987年,袁隆平发表《杂交水稻育种的战略设想》,提出了杂交水稻育种的三个阶段,即三系、二系和超级稻。同年,开始研究两系法杂交水稻育种,于1987年发现了一株光敏核不育水稻———“安农S—1光敏不育系”,为杂交水稻从三系过渡到两系找到了解决方法。两系法研究是我国独创的高新技术,是世界作物育种史上的重大革命。从1995年大面积生产应用到2000年,全国累计推广面积5000万亩,平均产量比三系杂交水稻增产5%—10%左右。
1995年,袁隆平又开始了超级水稻的研究,经过5年的刻苦攻关,于2000年达到了第一期目标,共有数十个百亩片和数个千亩片亩产已达到了1400斤以上。这一成果被评为“2000年中国十大科技进展”的第一项成果。
美国学者巴来伯格赞扬道:“袁隆平赢得了中国可贵的时间,他增产的粮食实质上使人口增长率下降了。他在农业科学上的成就打败了饥饿的威胁;是他领导着人们走向丰衣足食的生活。”