不久，李自成攻破南京，崇祯帝自缢，福王朱由菘在南京建立新王朝，阮大钺重新得势，他马上开始清除异己，陈贞慧、吴应箕具被捕下狱。侯方域知道黑手很快就会伸向自己，只能远走高飞，不得已，他挥泪离开了香君，渡江北上，投奔到正督师扬州的史可法麾下，从此与李香君劳燕分飞。自侯郎离去，香君洗尽铅华，闭门谢客，一心等待侯郎归来。
侯方域走后，阮大钺想要迎娶香君，香君以死相抗，血洒香扇。一计不成，他又想一计，他打着皇上圣谕的幌子，将香君征入宫中充当歌姬。带着无限的眷念和遗憾，李香君怀里紧紧抱着那把鲜血写成的桃花扇进了皇宫。宫门一入深似海，从此香君与她的侯郎更是天涯相隔，书信断绝。
不久后，清兵南下，直逼南京，朱由菘闻风而逃，李香君随着一些宫人乘乱逃离了皇宫。
相爱的两个人活生生地被拆散，过着“同心而离居”的生活，让多少人为李香君和侯方域心痛、感伤不已。