元灭后，蒙古人北退，佛教一度中落，至百年后，西藏黄教东来，佛教才又再度复兴。
内蒙古的佛教
西藏黄教传入蒙古，主要由于内蒙古俺答汗[28]皈依佛教。原来元朝灭亡后，蒙古各族割据为政，相互争战，加上明朝的北进，使蒙古连年受战争之苦，经济受到摧残，百姓渴望和平，佛教便成为蒙古各部族首领安定民心的力量。
俺答汗最初曾请金字西藏藏经至蒙古，明万历五年（1577年）派遣使者入西藏，迎请第三世达赖喇嘛锁南嘉措（1543—1588）巡锡蒙古，讲经说法。俺答汗颁赠“圣识一切瓦齐尔达喇达赖喇嘛”封号予锁南嘉措，并于绥远归化建立内蒙古首座寺庙“甘珠尔寺”。从此，敬佛息武，禁止杀戮，黄教因而盛行于内蒙古。
章嘉呼图克图是内蒙古的宗教领袖，也是内蒙古藏传黄教格鲁派最大的转世活佛，他被视为文殊菩萨的化身，常驻多伦、北京、五台山等地。传到十四世后，进入清朝，备受帝王重视与礼遇[29]。章嘉十四世曾奉敕住持北京法源寺，受封为“灌顶普照广慈大国师”，掌管西藏以东黄教，多伦诺尔示寂后，康熙皇帝还曾亲送龛座至西宁。
清雍正皇帝曾就教章嘉呼图克图十五世，并言其禅之造诣得力于章嘉。雍正十二年（1734年）封他为“灌顶普照广慈大国师”；乾隆元年（1736年）颁赠“管理京师寺庙喇嘛札萨克达喇嘛”印，十七年（1752年）受封“振兴黄教大慈大国师”之号。章嘉呼图克图十五世精通满、藏、蒙、汉等语言，其著作等身[30]，并且被奉为蒙藏佛典的圭臬。