布哈里军政府内部矛盾也进一步激化。布哈里担任联邦军政府首脑后，在处理国内外大事时，特别是在经济问题上态度强硬，经常与最高军事委员会多数成员发生意见分歧和争吵。随着国民经济日趋恶化，最高军事委员会内部矛盾也随之迅速激化。1985年4月，布哈里以健康状况不佳为由，要求辞去国家元首职务。于是，属于北部豪萨—富拉尼族、受到陆军支持的巴班吉达与属于西部的伊迪亚邦展开了争夺领导权的斗争。后因考虑到矛盾如进一步激化将会导致中下级军官不满而爆发政变，最高军事委员会的多数成员仍主张布哈里继续留职。布哈里因健康状况而把一部分领导权移交给相当于担负总理职务的最高司令部参谋长伊迪亚邦。同年8月18日，伊迪亚邦赴麦加朝觐。巴班吉达蓄谋已久的发动政变时机出现了。
巴班吉达政变
1985年8月27日子夜，以巴班吉达为首的一批将领指挥其亲信部队开进首都拉各斯，占领了联邦军政府的机构，逮捕了军政府首脑布哈里将军及其亲信。凌晨，政变集团的发言人乔舒亚·多戈尼亚罗准将在拉各斯电台发表政变公报，他指责布哈里军政府滥用职权、争权夺利和贪污腐化以及严重浪费国家财产，使尼日利亚陷于财政破产和国家分裂的绝境，他和他的同事们为了救国家于危难之中，不得不发动政变；宣布解散最高军事委员会、联邦执行委员会和国务委员会，并废黜布哈里的国家元首职务，由陆军参谋长巴班吉达少将任联邦总统和武装部队总司令。