（一）“体用不二”的本体论
他所谓的体，指宇宙本体，“用”指本体的功用或表现。他认为本心是宇宙的本体，宇宙万物归根到底都是本心的功用。他主要分“扫相”、“显体”和“释用”三个步骤论证这一核心观点。
所谓“扫相”，就是破除一切“相”，为认识真实的本体作准备。他认为，无论是“物相”还是“心相”都不是真实的存在。人们之所以视之为真实的存在，不外乎两点，一是“应用不计”，二是“极微计”。所谓“应用不计”就是“在日常生活方面，因应用事物的习惯，而计有外在的实境，即依妄计的所由而立名”。所谓“极微计”就是“于物质宇宙推析其本，说有实在的极微，亦是离心而独在的”。他认为这两种认识都是人们的偏见或“俗见”。从“物相”出发，将导致“粗俗”的唯物论，由“心相”出发，将导致唯我论。只有把两者结合起来思考，才能寻求到宇宙真实的本体。
所谓“显体”就是从正面提出“心为本体”的观点。他认为物相与心相都是“绝对的真实（本体）显现为千差万别的功用”。[23]这个真实的主体就是“恒转”，即是“变动不居、非常非断”的流变过程。“恒转”本体的最后落脚点是生命这种具体的运动形式上，由此，他提出了“本体即是生命”的命题。他认为本心具有三个特点：（1）本心是存在的主体，宇宙万物由它派生；（2）本心是运动变化的源泉，它以生生不息的运动本性把万物统一起来；（3）本心是认识的主体，它通过“识”显现出“境”（外物）。由此可见，他的这套本体论体系中同时又包含了认识论思想。