中国入世的最大阻力来自美国，因而中美双边协议能否谈成，何时签订直接影响中国加入世界贸易组织的时间表。在1997年至1998年，尽管各方都作出重大努力，并且两国最高领导人实现了互访，就中国加入WTO的问题深入交换了意见，然而，由于美国方面的原因，最终仍未达成协议。
1999年上半年，中美双边协议谈判仍然面临重重困难。4月，时任中国总理朱镕基访问美国，双方就争执多年的农产品问题达成共识，中国同意美国7个州的小麦和4个州的柑橘出口中国，此外，中国在电信、金融领域也作出了巨大让步，然而，双方除《中美农业合作协议》外，仍未达成关于中国入世的双边协议。5月，以美国为首的北约轰炸中国驻南斯拉夫大使馆，中国政府中断与美国的“入世”谈判。至1999年下半年，美国方面开始为改善两国关系作出努力。9月，在APEC峰会期间，江泽民和克林顿进行了会晤，着重讨论中国的入世问题，中断了4个月的中美谈判又重新启动。11月10日克林顿指派白宫首席经济顾问斯帕林陪同美国贸易代表巴尔舍夫斯基赴北京与中方展开最后谈判，11月15日中美就中国入世达成协议。中美双边协议的达成，意味着中国入世的最大障碍被克服。